医药物流管理系统是通过入库业务、出库业务、仓库调拨、库存调拨和虚仓管理等功能，综合批次管理、物料对应、库存盘点、质检管理、虚仓管理和即时库存管理等功能综合运用的管理系统，有效控制并跟踪仓库业务的物流和成本管理全过程，实现完善的企业仓储信息管理。该系统可以独立执行库存操作，与其他系统的单据和凭证等结合使用，可提供更为完整全面的企业业务流程和财务管理信息。
医药物流管理系统功能模块：管理单独订单处理及库存控制、基本信息管理、货物流管理、信息报表、收货管理、拣选管理、盘点管理、移库管理、打印管理和后台服务系统等。
医药物流系统是作业系统(标注化作业，固化作业流程，减少不同作业差异)，细节决定成败，一个小小的流程改善可能节省N多时间和N多劳力，同样一个小小疏忽就能浪费N多时间和N多劳力。一线作业员工辛苦，要想尽一切办法在提高效率降低成本的基础上减少员工的劳动强度、减少不必要的作业、缩短动线、减少重复操作。
在新版《药品经营质量管理规范》(GSP)等法律法规的要求下，以大科技医药物流系统更注重以下方面：
重视批号管理，指定批号出库
重视药品流向跟踪
重视养护的记录
重视精麻、一类等重点药品等特殊药品管理
重视药品的电子监管、器械唯一码全程跟踪管理
重视药检单管理
重视存储条件划分
重视与物流设备的联动等。
以大科技医药物流解决方案
(1)库存管理方面
多仓多货主管理，随着分销体系扁平化、第三方物流兴起，医药分销企业会越来越多开展多仓运作，在一体化云WMS系统中药支持多仓多货主管理
批次批号管理，有的需要管理到供应商(居间人)、灭菌批号、合同号、批次，且要管理到效期及生产日期
质量状态管理，药品质量状态分为合格、隔离、不合格三种质量状态，而且每个质量状态下有不同的原因(如：破损、运输污染等)
序列号管理，对于药品有电子监管码、防窜货吗，对于器械有GS1码等，这些可能都是库存管理的维度
养护管理，这个属于药品管理独特的地方，相对以前来讲，养护职责发生了一些变化，主要通过温湿度实施监控，保证药品的存储条件来保证药品的质量，但是诸如重点品种、首营品种、近效期、过效期、特殊需求等库存还是要做养护，并在系统里做好养护记录，对于中草药养护就更为重要了
效期管理，对于药品来讲，效期管理非常重要，GSP对此做了诸多要求，如在各环节做近效期和过效期提示，对于过效期产品要进行锁定停销
商品温度存储管理，对于药品来讲，不同药品有其存储温度带要求，一般来讲有：常温、阴凉、冷藏、冷冻、恒温等，不同商品要存储在不同的温度区域，这样需要WMS支持自动指定上架区域或者库位，通过系统保证商品存储温度区域准确
商品属性存储管理，对于药品来讲，按照GSP要求，不同的属性有不同存储要求(专库存放、分区存放)，如：精麻、二类、串味要专库存放(物理分区)，内用与外服要分区存放等，这样需要WMS支持自动指定上架区域或者库位，通过系统保证商品属性存放区域准确
盘点，WMS需要支持以下盘点功能：按盘点频率来分：循环盘点(根据商品属性、货主需求、仓储管理需求等制定循环盘点规则)、日动对盘点、全盘;按盘点策略来分：明盘、盲盘;按盘点工具来讲：RF盘点、纸张盘点、电子标签盘点等
库存调整
批号调整，WMS系统需要支持批号、效期、生产日期的修改，好能有其修改审批记录(不能随便修改批号，需要经过一定审批流)
质量状态调整，WMS系统需要支持质量状态之间的调整，从合格调整到隔离或者不合格，从隔离调整到合格或者不合格，要控制不合格不能调整到隔离或者合格，好能有其修改审批记录(不能随便修改质量状态，需要经过一定审批流)
报损报溢，WMS系统需要根据GSP要求及公司财务等管理制度提供报损报溢功能(有的是WMS发起，有的是上位ERP系统发起)
销毁，WMS系统需要根据GSP要求及公司相关管理制度提供报销毁功能，并能在系统记录
(2)入库流程方面
收货环节，根据新版GSP要求需要WMS系统提供供应商信息(包括名称、印章)、供货信息核对功能，并能够打印出相应收货单据，同时要提供送货信息(送货承运商、运输方式、送达时间、送货人及联系方式等)、来货温度(冷藏商品)等信息登记功能
验收环节，验收人员按规定进行药品质量验收，对照药品实物在系统采购记录的基础上录入药品的批号、生产日期、有效期、到货数量、验收合格数量、验收结果等内容，确认后系统自动生成验收记录，需要双人质检的需要提供双人质检功能
上架环节，WMS系统需要提供根据不同的验收结论、商品温度存储要求、商品属性存储要求指定上架区域或库位
上架库位分配策略包括：合并同品，合并同品同批，找空库位等
上架库位分配顺序包括：按P/C/B三个层级随意组合，可以按区域及区域里排列层自主定义库存库位分配顺序
特殊上架策略，可以根据货主、客户、商品特性、业务类型、商品质量状态设置特殊的上架策略
(3)出库流程方面
订单处理(波次)环节，WMS系统需要支持根据货主、运输方式、运输时限要求等选择订单，并按照不同需求来排程订单处理的逻辑(如：仅补货、先打标签还是后打标签、是否合并订单等)，对于即将来临的医药电商，还能根据订单商品重合率、库存摆放情况优化算法选择订单，排程波次，尽大能力提高拣货效率。对于WMS决定批号的系统还需要支持批号决定原则自主配置功能
库存分配策略包括：与拣货数量相近的先出、先过期先出、先进先出、后进先出、固定库位出、腾出多空位的分配策略(如：假如要拣20，目前有三个库位有，分别为：20，10，10，则按此种策略就会把拣选任务分给两个10)、拣大数量的货位的策略(如：假如要拣20，目前有三个库位有，分别为：30，10，10，则按此种策略就会把拣选任务分给两个30)等
库存库位分配顺序包括：按P/C/B三个层级随意组合，可以按区域及区域里排列层自主定义库存库位分配顺序
特殊分配策略，可以根据货主、客户、商品特性、业务类型、商品质量状态设置特殊的分配策略
补货环节，WMS系统需要支持主动补货、被动补货(波次补货)、订单池补货等，做得好的还可以根据前一周期(天、周、月)销量排序推进补货
拣货环节，WMS系统需要支持多种拣货模式(按设备来分：自动化立体库、电子标签、语音拣选;按出货层次来分：整托盘、整箱、拆零;按拣货策略来分：先拣后分、边拣边分、单品拣货等)
整托盘拣货，WMS系统需要支持按托盘打标签或者按箱打标签
整箱拣货，WMS系统需要支持拣货任务优化(按照客户拣、按照商品拣、按照动线拣)
拆零拣货，如果是边拣边分WMS系统需要支持任务组优化(按照配送点组车、按照ABC区域分组任务优化、按照订单重合度优化等);如果是先拣后分WMS系统需要支持拣货商品组优化;如果是提前拣选WMS在发起任务时候需要根据各区域工作节奏优化排程任务(尽可能保证各作业区域任务均分、任务平衡);如果是自动注册发起拣货任务则也要对拣货任务进行优化(有补货任务的后发起，在一个区域内有任务的连续发起，各作业区域任务均衡，紧急任务优先等)
包装复核环节，WMS系统需要支持纸张复核、条码复核、拼箱(好结合内复核预归类来实施)、集箱、打印装箱清单、打印出库标签、电子监管码采集(拆零电子监管码现在各企业都没有非常完美的解决方案，这个是行业痛点，如有人找到不错的解决方案的话对行业将是一个重要贡献)等，需要双人复核的需要提供双人复核功能
集货环节，WMS系统需要提供RF指导集货、分拣机集货等功能
出库复核环节，WMS系统需要提供纸张复核、条码复核、集箱及电子监管码采集等功能，需要双人复核的需要提供双人复核功能
出库交接，WMS系统需要提供RF出库或纸张出库交接，随运输带的单据(出库清单、药检单等)、托盘、周转箱登记或者采集等功能
(4)功能方面
药检单管理，需要提供药检单扫描、存储、打印(可以按照波次、订单、品批等维度打印，好实现和其他相关单据同步打印，如不能在一起同步也需要用序列号同步，便于后续匹配单据)、网上传输与下载及电子印章管理等功能
电子监管码管理，WMS系统需要提供入库扫码(收货前扫码、收货中扫码、收货后扫码)、出库扫码(拣货时候扫码、拆零包装复核时候扫码、整箱集货时候扫码、整箱分拣线上自动扫码等)、扫码上传功能，做得好的可以将扫码融入到WMS作业流程中，做得再好的可以和上游对接码或者和阿里健康对接，这样就可以做到码的校验，否则拆零无法做到码的数量及内容校验(部分企业采取码的部分内容校验，可以尽大能力避免错扫、漏扫，但无法完全规避)，个人认为电子监管码体系系统顶层设计有问题，一无法完全做到药品生命周期全流程可视、跟踪、监督，二没有反向校验，三大幅度增加了生产企业、流通企业的经营成本，劳民伤财，需要对此体系重新评估和调整
货转功能，WMS系统需要提供一个仓库里货权发生变化，但实物仅大可能的不动的货主转换功能，这个对于第三方物流企业尤为重要，可以减少物流搬运、拣货动作，降低供应链物流成本
耗材管理，耗材特别是冷链耗材是医药物流中心一项重要的运营成本，应该对耗材采购、收货、领用、使用(如在包装站增加耗材适应情况采集、集货场地二次拼箱及包装信息采集、冷链耗材使用信息采集等)、库存管理等各环节提供系统管理功能，以期通过系统加强耗材精细化管理，降低耗材不必要的浪费和资金占用，并可以利用系统做好可用旧耗材利用记录(进行奖励和激励)
冷链作业管理，WMS系统需要提供冷链作业相关的功能，如：冰排管理、包装方案管理、冷链作业动作管理、冷链温度跟踪管理、风险点预警等，有的专门开发独立的系统，这个也可以，不过需要和WMS有对接
权限控制及作业动作可追溯，WMS系统需要根据岗位、角色定义不同的权限，系统能对每一个作业动作进行实时记录，并能够保存超过一定时间供查询
计费功能，WMS系统需要提供按照合同约定、费率、物流动作等规则进行计费功能(对账、审核、调整等)